Trollstua er organisert som en kombinert avdelings- og basebarnehage, hvor barna har en sterkt tilknytning til sin egen base, samtidig som de har stor frihet til å møtes på tvers for leik og samhandling. 
Trollstua består av 4 baser: 

I nybygget holder Tommeliten og Veslefrikk til. De har de minste barna fra 0-2 år.

 I gamlebygget holder Rødhette og Blåmann til. Det er storbarnsbaser med barn fra 3-6 år.